עבור קורסי התואר השני שילמד התלמיד בשנה ג׳ של התואר הראשון (בחוג לפיזיותרפיה ובחוג לסיעוד בשנה ד' של התואר הראשון) יחויב בתשלום של 2.5% לשעה שבועית סמיסטריאלית משכר הלימוד הרגיל.

במידה ויעמוד התלמיד בתנאי המסלול המואץ (ראה תקנון לימודים לתואר שני באתר הרשות ללימודים מתקדמים) יחושב שכר הלימוד עבור קורסי התואר השני שלמד בשנה ג׳ (בחוג לפיזיותרפיה ובחוג לסיעוד בשנה ד' של התואר הראשון) כחלק מהתשלום עבור לימודי התואר השני.

שכר הלימוד שייגבה מתלמיד שיסיים את המסלול המואץ עם בחינת גמר (4 שנות לימוד או 5 שנות לימוד בחוג לפיזיותרפיה ובחוג לסיעוד) יהיה 100%, זאת במידה ועמד בכל תנאיו האקדמיים של המסלול.

תלמיד במסלול כתיבת תיזה ישלם בשנתו הרביעית (שנתו החמישית בחוג לפיזיותרפיה ובחוג לסיעוד) 100% שכר לימוד (שכר הלימוד בגין קורסי התואר השני שלמד בשנה ג׳ או ד' בחוג לפיזיותרפיה וסיעוד יחושב כחלק מה–100% שכר לימוד בהם חייב התלמיד) ובשנתו החמישית או השישית בחוג לפיזיותרפיה וסיעוד ירשם כתלמיד וישלם 10% משכר לימוד בתוספת התשלומים הנלווים בגין הגשת עבודת התיזה. סך הכל שכר לימוד במסלול המואץ עם כתיבת תיזה הינו 110%, זאת במידה ועמד בכל תנאיו האקדמיים של המסלול.

במידה והתלמיד לא יעמוד בתנאים האקדמיים של המסלול המואץ, הוא יעבור למסלול לימודים רגיל וישלם כמקובל מינימום 200% שכר לימוד. במקרה כזה, יחושב שכר הלימוד בגין קורסי התואר השני שלמד בשנה ג׳ של התואר הראשון (או שנה ד' של התואר הראשון בחוג לפיזיותרפיה וסיעוד) כחלק מה–200% שכר לימוד לתואר שני.