אגף מנהל תלמידים מארגן ומנהל את הפעילות הקשורה במהלך הלימודים של תלמידי האוניברסיטה לכל התארים וכולל את השירותים הבאים: הרשמה וקבלת תלמידים; בחינות, אישורים, בוגרים; שכר לימוד; שנתון האוניברסיטה; חדרי לימוד; תיקיית התלמידים.